理查德·杨（RichardA.Young）报告提出主转录因子例如SOX2、OCT4、NANOG等结合到增强子元件，召募中介因子，激活多能胚胎干细胞相关基因的表达，控制多能状态。这些结合区被称为超级增强子，包括主调节因子和中介因子高密度占居的增强子簇。超级增强子在大小、转录因子密度和含量、转录激活能力、对干扰的敏感性等方面与经典增强子不同。

维持胚胎干细胞自我更新的OCT4蛋白或中介因子水平减少可致超级增强子相关基因表达缺失。另外，在分化好的细胞中，包含细胞类型特异性主转录因子的超级增强子因子，会出现于能区别细胞身份的基因上。

研究还发现，弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中BET蛋白不对称分布，其相关的基因中1.6%结合分布了33%的BRD4蛋白。这些超级增强子对BRD的抑制剂敏感，这也解释了BET抑制剂选择性对癌基因和细胞系特异性转录环路的作用。超级增强子标记的基因功能研究证明DLBCL依赖核转录因子协同**物OCA-B,这种未被认识的肿瘤依赖性，表明BET抑制剂可能是DLBCL的很有希望的治疗药物。

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