正常上呼吸道存在菌群，包括草绿色链球菌，表皮葡萄球菌，奈瑟氏球菌，流感嗜血杆菌等。细菌之间通过群体感应系统和局部产生的抗微生物多肽调节细菌种类和数量的保持动态平衡，与我们和平共处，正常情况下并不引起人类的疾患，包括下消化道的菌群，而且人类通过细菌分解食物，吸收入体必需的微生物。

以前认为人的下呼吸道是无菌的，但近期的双腔防污染毛刷下呼吸道采样的研究结果显示下呼吸道的菌群分布与上呼吸道类似，只是数量上明显减少，并非无菌状态，但正常人体并不出现感染状态。而且正常人大约40%在夜间睡眠时出现胃内容物少量的返流，但也并不引起疾患。

在囊性纤维化的患者，稳定期痰细菌检测发现细菌种类繁多，当出现急性加重时，出现优势菌占主要地位，菌群多态性出现变化，种类减少。经抗感染治疗后菌群分布恢复至发病前的多态性。

COPD患者也有类似的临床特征。这提示菌群失调是疾病进展的一个特征，改善菌群失调有可能改善感染性疾病的进展。我们近期的一项研究显示慢性鼻窦炎的患者由于长期使用抗生素导致正常菌群失调，而结核硬脂酸杆菌Corynebacterium tuberculostearicum（CT）的数量与患者的症状存在正相关。结核硬脂酸杆菌是正常皮肤定植菌，毒力低，并不致病，但在菌群失调的情况下，可以进一步诱导粘膜炎症反应。

为证实上述观点，我们在小鼠上**了慢性鼻窦炎模型，单纯给予大剂量CT并不引起明显的鼻粘膜炎症反应，而预先给小鼠服用抗生素5天清除正常菌群后再给大剂量CT可以诱发鼻粘膜杯状细胞增生。同时给予乳酸杆菌则可显著改善CT引起的粘膜炎症反应。

这些研究结果提示正常菌群的失调可以使得非致病菌出现致病现象，而改善菌群失调则可以改善感染造成的炎症反应。