一项长达5年的临床研究和长期随访证实，异体（异基因）骨髓间充质干细胞可显著改善红斑狼疮患者病情，减轻尿蛋白及血清肌酐水平，改善白蛋白及肾功能，对红斑狼疮难治性血细胞减少、红斑狼疮脑病等均有显著疗效。

南京大学医学院附属鼓楼医院风湿免疫科孙凌云教授课题组通过动物模型研究发现，异基因骨髓及脐带来源的间充质干细胞移植治疗狼疮鼠，能显著延长小鼠生存期，改善蛋白尿及血清肌酐水平。该课题组还通过研究提出，系统性红斑狼疮不仅是造血干细胞病，而且是骨髓间充质干细胞病，异体骨髓间充质干细胞移植适合于此病的治疗。

2007年，该课题组在国际上率先开展了异基因骨髓间充质干细胞移植治疗难治性系统性红斑狼疮患者的临床研究。据介绍，截至目前，该课题组已成功完成近350名难治性自身免疫病患者的异基因骨髓间充质干细胞移植治疗。