所有中枢神经系统感染都应作为结核性脑膜炎的鉴别诊断加以考虑，其中特别是真菌性脑膜炎，治疗不全的细菌性脑膜炎，病毒性脑膜炎和病毒性脑炎等更易于结核性脑膜炎混淆。脑脊液中检出隐球菌抗原或阳性墨汁染色对诊断新型隐球菌脑膜炎极为敏感又有特异性。测定凝集试验，乳胶补体结核试验和对流免疫电泳皆有助于确定治疗不全的细菌性脑膜炎。　　

病毒性脑膜炎的脑脊液蛋白增高罕有超过200mg/dl，而95%的病例脑脊液糖浓度正常，一小部分病例的糖浓度也只是轻微减低；脑脊液中的白细胞也从以多形核细胞为主在24小时内迅速转变为以淋巴细胞为主。病毒性脑炎脑脊液的糖浓度一般在正常范围。个别病例可轻度降低。　　

其他需要考虑的鉴别诊断有：癌性脑膜炎，急性梅毒性脑膜炎，特别是不完全治疗的病例，弓形虫病和猪囊虫病，李司忒菌（Listeria）脑膜炎，中枢神经系统类肉瘤，白塞（Behcet）病，红斑狼疮，肉芽肿性CNS血管炎和感染性心内膜炎造成脑膜炎。