明确诊断口腔念珠菌病，除依靠病史和临床表现外，还需要实验室检查证实损害组织中存在病原菌。念珠菌实验室检测方法包括涂片法、分离培养、组织病理学检查、免疫学和基因诊断等。一般来说，临床上常用的方法是前三种。

1.涂片法

只能发现真菌而不能确定菌种，对于口腔黏膜干燥的患者阳性率也较低。

2.培养法

将标本接种于沙氏培养基，经3~4日后，形成乳白色圆形突起的菌落。若接种在玉米琼脂培养基上，则菌落发育更旺盛，中心隆起。镜检若查见厚壁孢子，可确诊为白色念珠菌。

3.免疫法

用间接免疫荧光法测定血清和非刺激性混合唾液的抗念珠菌荧光抗体。因存在较强的免疫交叉反应性，故假阳性率（误检率）较高。

4.活检法

对于慢性或肥厚性损害可进行活检，将组织切片用PAS染色，镜下可见增生的口腔黏膜上皮细胞间有芽生孢子和菌丝。

5.基因诊断

近年来，分子水平的研究使得对念珠菌的认识突破表型鉴定的局限，应用基因分型方法对念珠菌进行种间鉴别和种内分型，为临床诊断和流行病学研究提供了更能反应物种本质的工具。