吞咽活动为吞咽中枢所控制，该中枢位于延髓网状结构内。吞咽中枢接受由软腭（经三叉神经）、咽后壁（经舌咽神经）、会厌（经迷走神经）和高级脑中枢的传入冲动。吞咽中枢的传出冲动至三叉神经运动核、面神经核、疑核和舌下神经核，各运动核的轴突组成神经支配与吞咽有关的肌肉。

吞咽中枢对吞咽肌肉的收缩时间及顺序起控制作用，若吞咽中枢一部分受损则对吞咽产生影响。吞咽一旦开始，即按一定的肌肉收缩顺序完成，其他活动均暂行停止，直至吞咽完成，其他活动方能继续。