深部真菌感染患病率的逐渐增加,实际上是针对多种疾病进形成功的外科及内科治疗的反应。上述疾病包括对于恶性肿瘤和自身免疫性疾病的细胞毒性治疗,器官和骨髓抑制的免疫抑制治疗。广谱抗生素和各种静脉内导管的广泛应用,胃肠外营养,人造材料和反复彻底的手术使得真菌感染的问题更加复杂化。任何原因引起的长期中性粒细胞缺乏,是深部真菌感染的重要易感因素，过去10年内AIDS的广泛传播,为深部真菌感染的发生提供了另一组高危人群。
在影响患者真菌感染危险程度的各种因素中,最为重要的是免疫系统状况。无论何种原因造成的免疫系统功能障碍,特别当患者并发中性粒细胞缺乏时,真菌侵入的危险性大为增加。另外,反复与大量真菌接触也能增加感染的危险性,即使是那些环境中常见的或正常情况下皮肤表面的定居菌。若患者接触致病性真菌或既往曾患真菌感染,此时全身性真菌感染的可能性大大增加。
与免疫系统状况相对正常的惠者相比,免疫功能抑制的患者其真菌感染发展迅速,且更为凶险,导致病死率升高。在更为准确的早期诊断方法出现之前,高度警惕并早期治疗(常常是经验性治疗)是必要的。应当对每一个免疫系统障碍的患者评价真茵感染的危险性。所有的真菌均应认为是可能的致病菌。