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研究获取CLL相关基因和突变的功能图谱

2014-03-03 10:57 阅读:2130 来源:生物通 作者:孙福庆 责任编辑:云霄飘逸
[导读]这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果,该联盟曾鉴定了涉及慢性淋巴细胞白血病发展的主要突变,但当时他们还不清楚这些突变的功能。

巴塞罗那基因组调控中心Dr. Roderic Guigó领导研究团队,对慢性淋巴细胞白血病进行了转录组分析,获得了慢性淋巴细胞白血病相关基因和突变的功能图谱。这项工作发表在Genome Research杂志上。

这一项目是西班牙慢性淋巴细胞白血病基因组联盟的最新成果,该联盟曾鉴定了涉及慢性淋巴细胞白血病发展的主要突变,但当时他们还不清楚这些突变的功能。

白血病是一种造血系统的恶性肿瘤,俗称“血癌”,是最常见的恶性肿瘤之一。白血病按细胞分化程度可分为急性和慢性两大类。根据受累的细胞类型,又可以分为粒细胞、单核细胞、淋巴细胞白血病等。其中慢性粒细胞性白血病(CML)占13%,急性粒细胞性白血病(AML)占28%,慢性淋巴细胞白血病(慢性淋巴细胞白血病)占30%,急性淋巴细胞白血病(急性淋巴细胞白血病)占13%,其他不典型的占17%.

慢性淋巴细胞白血病慢性淋巴细胞白血病起病缓慢,在这种疾病中一些免疫功能不全的淋巴细胞发生了恶性的增生。慢性淋巴细胞白血病在欧美白种人中比较常见,患者的发病年龄大多在50岁以上,30岁以下的患者很少见。这种疾病的主要表现是全身淋巴结肿大,脾大,贫血及外周血中淋巴细胞异常增多。

慢性淋巴细胞白血病的临床和生物学表现差异很大。全基因组测序或全外显子组测序可以为人们揭示慢性淋巴细胞白血病中的主要突变,而RNA测序能为人们展示慢性淋巴细胞白血病的转录谱。在这项研究中,研究人员对98名患者的白血病细胞和健康B淋巴细胞,进行了深度RNA测序。

他们发现在慢性淋巴细胞白血病和正常B细胞之间,有数千个转录元件发生了差异性的表达,其中包括蛋白编码基因、非编码RNA和假基因。转座元件在慢性淋巴细胞白血病中全面摆脱了细胞对它们的束缚。此外,有两千个基因表现出慢性淋巴细胞白血病特异性的剪切模式。研究显示,慢性淋巴细胞白血病中涉及代谢通路的基因得到了更高水平的表达,而剪切体、蛋白酶体和核糖体相关基因被明显下调。

在此基础上研究人员将慢性淋巴细胞白血病患者分为两个亚类,一组在较长时间之内不需要治疗,而另一组则需要迅速进行治疗。进一步分析显示,这两组患者之间的差异,来自于淋巴结微环境中的B细胞受体激活。

“我们在对基因组进行功能性分析的基础上,区分了两个不同的慢性淋巴细胞白血病患者群体。在这两组患者之间慢性淋巴细胞白血病的侵袭性差异很大。理解这种差异背后的分子机制,可以帮助人们为慢性淋巴细胞白血病患者提供更个性化的治疗,”Dr. Guigó说。


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